Acute cryptosporidiose behoeft bij zowel immuuncompetente als immuungecompromitteerde personen geen antibiotische behandeling.

Bij ernstige infecties en/of chronische infecties bij immuuncompetente personen kan, als het middel beschikbaar is, behandeld worden met nitazoxanide in een dosering van 2dd 500 mg gedurende 3 dagen.

De beste therapie bij infecties in immuungecompromitteerden is het herstellen van de eigen afweer.