Er bestaat internationaal geen consensus over de pathogeniciteit van Blastocystis spp. Terughoudendheid met betrekking tot antibiotische behandeling van Blastocytis spp. infecties is dan ook geboden. Behandeling van een vermeende infectie kan bij langdurige klachten en bij uitsluiting van andere oorzaken een behandeling worden overwogen (alhoewel vaak ineffectief).

Paromomycine is in Nederland niet geregistreerd maar is een zogeheten "ZFW-middel”.